A公司于2004年2月份办理税务登记，主要生产电机产品，2004年度销售200万元，税收管理员B某从征管软件中发现该公司经营信息，于2005年1月9日督促该公司申请办理增值税一般纳税人手续，但该公司迟迟未予申请办理。2005年4月5日，税收管理员B某对A公司日常检查中发现，该公司2005年1月至3月发生不含销售额50万元，其中开具专用发票销售10万元，所开具增值税专用发票都是由税务机关代开，共向税务机关申报增值税款2万元，请问税收管理员B某对该公司应如何处理？