A公司中标承建小型垃圾填埋场工程，填埋场防渗系统采用HDPE膜，膜下保护层为厚1000mm黏土层，上保护层为土工织物。 项目部按规定设置了围挡，并在门口设置了工程概况牌、管理人员名单、监督电话牌和扰民告示牌。为满足进度要求，现场安排3支劳务作业队伍，压缩施工流程并减少工序间隔时间。 施工过程中，A公司例行检查发现：有少数劳务人员所戴胸牌与人员登记不符，且现场无劳务队的管理员在场；部分场底基础层验收记录缺少建设单位签字；黏土保护层压实度报告有不合格项，且无整改报告。A公司明令项目部停工整改。 指出黏土保护层压实度质量验收必须合格的原因，对不合格项应如何处理？