医院信息系统是各类信息系统中最复杂的系统之一，《医院信息系统基本功能规范》根据数据流量、流向及处理过程，将整个医院信息系统划分为以下部分：（）
（1）临床诊疗部分；
（2）药品管理部分；
（3）经济管理部分；
（4）综合管理与统计分析部分；
（5）外部接口部分。