A . 限制酶识别序列内或其邻近的胞嘧啶、腺嘌呤或尿嘧啶被甲基化后，可能会阻碍限制酶的酶解活性。
B . 许多限制酶对线性DNA和超螺旋DNA底物的切割活性是有明显差异的。
C . 有些限制酶对同一DNA底物上不同酶切位点的切割速率会有差异。
D . 限制酶反应缓冲系统一般不用磷酸缓冲液，是由于磷酸根会抑制限制酶反应。
E . BSA对许多限制酶的切割活性都有促进作用，所以酶切反应中常加入一定量的BSA。