背景：
某工程，施工单位按招标文件中提供的工程量清单作出报价（表3-1）施工合同约定：工程预付款为合同总价的20%，从工程进度款累计总额达到合同总价10%的月份开始，按当月工程进度款的30%扣回，扣完为止；施工过程中发生的设计变更，采用以直接费为计算基础的全费用综合单价计价，间接费费率10%，利润率5%，计税系数3.41%。
施工开始后遇到季节性的阵雨，施工单位对已完工程采取了保护措施并发生了保护措施费；为了确保工程安全，施工单位提高了安全防护等级，发生了防护措施费。施工单位提出，上述两项费用应由建设单位另行支付。
施工至第2拿月末，建设单位要求进行设计变更，该变更增加了一新的分项工程N，根据工艺要求，N在E结束以后开始，在H开始前完成，持续时间1个月，N工作的直接费为400元／每立方，工程量为3000立方。