甲公司诉乙公司侵权一案，市中级人民法院作出二审判决后，甲公司发现重要证据，向省高级人民法院申请再审。省高级人民法院受理后，在再审过程中，甲、乙公司达成了调解协议，此时对中级人民法院判决如何处理？（）