仲裁案件当事人甲公司与乙公司在案件审理过程中通过协商，就已经提交仲裁的争议达成和解协议。随后申请人甲公司撤回了仲裁申请。后甲公司反悔，此时甲、乙两公司的纠纷应如何解决？（）