A由于客户确发生ATM取款时卡钞，故柜员核实流水后将款项退回客户的做法正确

B必须查询持卡人的账户是否下账，如为他行卡，需提交查询到银联中心。

C必须对自助设备进行降钞，检查账款是否相符，废钞箱款项是否相符，是否有假钞。

D调阅监控，查看交易时录像过程是否与持卡人陈述情况相符，是否有异常。

E在确定已扣客户账，废钞箱内吞钞无假币，吞钞过程无异常后，方可将款项存入客户账户。