A公司有一批货物已经投保平安险，分甲乙两只船装运，一起运往目的港。由于航行过程中遭遇暴风雨的袭击，甲船因船身倾斜，致使所载货物相互碰撞发生部分损失。而乙船则不幸与另一货轮相撞，致使船上货物发生碰撞损失。对A公司的货物损失，保险公司应当如何进行赔偿?