北京甲公司与天津乙公司签订一份合作协议，协议约定，因本协议所发生的一切争议应提交华北地区仲裁委员会进行仲裁。后因该协议履行发生争议，甲公司向北京海淀区人民法院提起诉讼，人民法院立案后，乙公司以双方协议中存在仲裁协议为由对该人民法院管辖权提出异议。此时，人民法院应当如何处理？