2008年，甲、乙、丙、丁四人经协商，决定共同投资创办一家有限责任公司。公司注册资本为1000万元，四方决定采取分期缴付出资的方式，首次出资150万元，四方对公司债务承担无限责任，公司设立股东会，董事会和1名监事，以董事会为公司的最高权力机关，协议还规定公司经有关部门批准后向社会公众发行股票

问：上述过程中有那些不合法之处，依法应如何处理?