A公司是某省烟草公司直属的地级市公司，管辖11个县、区烟草公司，烤烟生产和卷烟销售并行发展，在国家现行烟草专卖体制下保持政企合一的管理体制。该公司近年来发展速度很快，每年利润增长率达到l5%左右，是当地财政的主要支柱，年上缴税收占全市财政收入的l/4。公司现任王总经理是在2004年到任的，时值烟草组织体制变革，县、区公司撤消法人资格，市公司成为法人经营主体。王总到任后，集中精力拓展重点烟叶基地建设和“两烟”业务。经过两年的努力，2006年公司生产和销售取得可喜的成绩，得到省公司的认可。
但是，随着业务和公司经营规模的发展，王总发现，公司的内部管理存在很多问题，在一定程度上制约了公司的发展。2004年，县、区公司取消法人资格，市公司成为法人经营主体后，县、区公司的主要经营业务权限集中到市公司。按照上级公司的要求，A公司成立了烤烟技术推广、卷烟营销、生产物流、财务结算、人力资源开发等五大职能中心，分别对县、区公司进行管理。这些职能中心原是A公司的职能部门，不做具体经营业务。
在A公司被确定为经营主体后，各部门的职能发生了很大变化，全公司主要经营业务的职责和权限分别收归到了这5个职能中心。如烤烟技术推广中心，不仅负责卷烟和烤烟技术的研发，还负责全系统卷烟和烤烟技术的推广;卷烟营销中心，不仅负责全市烟草市场的管理和拓展，还负责全系统卷烟和烤烟的统一销售;生产物流中心，不仅负责编制全系统的生产计划，组织协调生产，还负责全系统各种专卖物料的统一管理和配送。11个县、区公司主要职责是按生产计划保质、保量组织完成生产任务。
虽然5个职能中心的职能发生很大的变化，但各职能中心内部的组织结构、岗位设置、人员配置基本没变。员工不清楚哪些工作需要请示，向谁请示，又有哪些工作是自己可以决定的。对自已所在的岗位价值究竟有多大，未来晋升方向是什么，员工也没有清晰的认识，更没有部门经理的指导。公司仍存在着工作责任大小一个样、干好干坏一个样、干多于少一个样的现象，员工的积极性和责任心受到影响。
在绩效考核方面，无论是对部门领导还是对员工，其考核内容均为德、能、勤、绩等4个方面。考核标准定性的多、定量的少。部门经理在考核员工时，更多的是凭印象、感情打分，大部分员工考核结果都是“优”或“良”。因为每次考核结果都差不多，既不影响员工升迁，也不影响员工的工资待遇。部门经理每年都是例行公事，只是将考核结果简单汇总交人力资源开发中心存档。
在用工制度方面，公司整个系统正式在编人员为2000人，因工作需要又受上级公司编制的限制，多年来除正式员工外，还招用了大量不同身份、不同等的三产工和聘用工。截至2006年底，公司整个系统的正式员工、三产工、聘用工分别占总人数的30%、l8%和52%。三种不同身份的员工待遇相差悬殊，即使同一岗位，薪酬水平和福利待遇也不相同，由于同工不同酬，三产员工和聘用员工意见很大，工作责任心和积极性受到一定的影响。面对这些问题，王总经理一筹莫展，希望管理咨询公司帮助解决问题。
问题：