原生动物肉足虫纲的太阳虫目淡海水均有分布，变形目、有孔虫目主要分布淡水，海水、半咸水生活在高盐海水。纤毛虫纲的缘毛目、旋唇目、全毛目均有海产种类，但大多数分布于淡水水域。